华南师范大学学报(自然科学版)

作者：薛云*, 傅俊橦, 李杰进, 王杜齐, 邝秋华, 张美珍, 肖化

关键词：OPSM, 公共子序列, Deep OPSM, 双聚类, STL map

OPSM作为一种基于模式的双聚类方法，被广泛应用于基因数据矩阵的分析上.在一个OPSM聚类中，形成聚类的若干基因在特定的条件子集下具有一致的表达模式，其中隐含着基因的关联调控信息，对基因数据矩阵进行双聚类分析具有生物学意义.其中，Deep OPSM 是OPSM 聚类中行数少列数多的特殊聚类.根据OPSM模型，该文提出了一种快速有效的精确性算法，用于挖掘分散在基因数据矩阵中的OPSM聚类.首先寻找基因数据矩阵中任意两行的公共子序列，然后利用STL map对找到的公共子序列进行支持度统计，并将符合支持度阈值的OPSM聚类输出，且通过阈值的设置即可输出Deep OPSMs.结果证明该算法能够快速地找到符合条件的Deep OPSMs.通过P-value值分析，验证了找到的Deep OPSM具有明显的生物学意义.

来源：2015年第4期

《华南师范大学学报(自然科学版)》期刊编辑部

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